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Da Microsoft un progetto open source per il mercato biotech
Scritto da Paolo Raviola il 16-11-2009 ore 12:24
Microsoft Biology Foundation (MFB) è un toolkit costruito come estensione del framework .NET, basato sugli standard de facto, stabiliti dalla comunità bioinformatica attraverso anni di sviluppo, condivisione del codice e supporto cross-platform. Il suo utilizzo sarà assoggettato alla Microsoft Public License.

Attraverso il supporto ai formati di file tipici di questa disciplina, MFB dovrebbe rivelarsi immediatamente produttivo. Vengono offerti algoritmi per la manipolazione di DNA, RNA e sequenze di proteine; inoltre un insieme di connettori permette di accedere al servizio web NCBI BLAST.

Oltre alle funzionalità predefinite della libreria di base, si possono aggiungere altre specifiche funzioni, che andranno a beneficio della comunità. Vista la neutralità della piattaforma, si può scrivere codice in Visual Basic, C#, F#, o utilizzare anche degli script ad-hoc in Iron Python.

L'implementazione degli algoritmi include i riferimenti alle pubblicazioni scientifiche dalle quali sono derivati, in modo da facilitare il lavoro dei ricercatori. Sono inoltre inclusi esempi su come integrarsi con altre tecnologie Microsoft, come Windows Azure, Microsoft Silverlight e Microsoft Office.

Per sfruttare a pieno i sistemi multiprocessore e/o multicore, è presente anche una preview di Dev10, realizzata a partire dalla Parallel Extensions library, che verrà inclusa in .NET 4.0 e in Visual Studio 2010. Il software è scaricabile da Microsoft Connect, previa registrazione.
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